Considerado un asesino sádico y participante en la selección de personas para ser enviadas a las cámaras de gas. Sus crímenes contra la humanidad tuvieron la mayor expresión de impunidad con Mengele.

   Se le conocía como Beppo y como el ángel de la muerte.

   Mengele era el mayor de los tres hijos de Karl Mengele (1.881-1.959) y su esposa Walburga (fallecida en 1.946), unos acaudalados industriales de la ciudad de Günzburg (Baviera). Sus hermanos pequeños eran Karl Mengele (1.912–1.949) y Alois Mengele (1.914–1.974). Estudió medicina y antropología en las universidades de Munich, Viena y Bonn. En Munich se doctoró en antropología en 1.935 con una tesis doctoral acerca de las diferencias raciales en la estructura de la mandíbula inferior, bajo la supervisión del profesor Theodor Mollison. A continuación viajó a Fráncfort del Meno, donde trabajó como ayudante de Otmar von Verschuer en el Instituto de Biología Hereditaria e Higiene Racial de la Universidad de Frankfurt. En 1.938 se doctoró en medicina con una tesis doctoral titulada Estudios de la fisura labial-mandibular-palatina en ciertas tribus.

   Fue durante su estancia de 21 meses en Auschwitz cuando el doctor Mengele logró su infamia, ganándose el apodo de "ángel de la muerte". Cuando los vagones de tren repletos de prisioneros llegaban a Auschwitz II (Birkenau), con frecuencia Mengele esperaba en el andén junto a otros médicos para seleccionar a los más aptos para el trabajo y la experimentación, así como quienes serían enviados inmediatamente a las cámaras de gas.

   Los gemelos resultaban particularmente interesantes para Mengele. A partir de 1.943, los gemelos eran seleccionados y ubicados en barracones especiales. Prácticamente todos los experimentos de Mengele fueron de un valor científico dudoso, pero financiados con miles de millones de marcos, dejando aparte su falta absoluta de ética, incluyendo intentos de cambiar el color de los ojos mediante la inyección de sustancias químicas en los ojos de niños, amputaciones diversas y otras cirugías brutales, y, en al menos una ocasión, un intento de crear siameses artificialmente mediante la unión de venas de hermanos gemelos (la operación fue un fracaso y el único resultado fue que las manos de los niños se infectaron gravemente). Las personas objeto de los experimentos de Mengele, en caso de sobrevivir al experimento, fueron casi siempre asesinados para su posterior disección.

   Los presos lo recuerdan montando a caballo con uniformes inmaculados. La corte de Francfurt lo procesó por crímenes contra humanidad por las selecciones, las inyecciones mortales, la tortura y otras formas de exterminio deliberado. Estuvo implicado principalmente en los experimentos de gemelos, según miembros de C.A.N.D.L.E.S., (gemelos que sobrevivieron a estos experimentos). En 1.944, seleccionaron y trasladaron a los gemelos a cuarteles especiales. Auschwitz ofreció a Mengele un número ilimitado de especímenes que podrían ser estudiados al azar. 

   En abril de 1.945 huyó hacia el oeste camuflado como un miembro de la infantería regular alemana. Resultó capturado como prisionero de guerra y retenido cerca de Nuremberg. Fue liberado por los aliados, que desconocían su identidad. Tras esconderse como granjero en Alta Baviera, Mengele partió hacia Argentina en 1.949 donde muchos otros oficiales nazis huidos también habían encontrado refugio. Mengele se divorció de su esposa Irene y en 1.958 se casó con la mujer de su hermano Karl, Martha. Ella y su hijo se mudaron a Argentina para reunirse con Mengele, aunque ambos regresaron a Europa años después.

   Su familia en Alemania le respaldaba económicamente y prosperó en los 50, primero montando una tienda de juguetes y después como socio de una empresa farmacéutica. Sin embargo, a partir de entonces Mengele vivió de manera modesta. En 1.959 viajó a Paraguay y desde 1.960 vivió en Brasil hasta su muerte en 1.979, cuando se golpeó con un madero mientras nadaba en una playa y se ahogó.

   A pesar de los esfuerzos internacionales en rastrearle, jamás fue detenido y vivió impunemente durante 35 años bajo diversas identidades falsas. La captura de Adolf Eichmann, juzgado por Israel, alimentó los miedos de Mengele y sus continuos movimientos y el Mossad le persiguió durante algún tiempo, pero los esfuerzos de Israel se dirigieron hacia la normalización de las relaciones con Paraguay y a la lucha contra enemigos más cercanos. Los perseguidores de los nazis no le encontraron hasta 1.985 cuando su cuerpo fue hallado e identificado en una labor conjunta de las autoridades estadounidenses, alemanas y de algunos países sudamericanos. En 1.992, los análisis de ADN confirmaron su identidad.

   Mengele ha sido también un personaje literario y cinematográfico, apareciendo en novelas, posteriormente llevadas al cine, como Los niños del Brasil y Marathon Man. Fue también objeto de la canción Angel of death (ángel de la muerte) del grupo Slayer en su álbum Reign in blood (1.986).