En 1910 ingresó como cadete en la Marina Imperial y durante la Primera Guerra Mundial estuvo embarcado en el crucero Breslau con el que participó en diversas misiones importantes en el Mar Mediterráneo.
En Octubre de 1916, y a petición personal, es trasferido a la flota submarina en donde pasa por 3 submarinos diferentes: En el U-39 (desde Enero a Diciembre de 1917) realizó 5 patrullas, en el UC-25 (desde Marzo a Septiembre de 1918) realizó 2 patrullas y en el UB-68 (entre Septiembre y el 4 de Octubre de 1918) realizó una patrulla siendo esta última desastrosa por el naufragio del submarino y acabando apresado por la armada británica, que le mantuvo como prisionero de guerra hasta 1920.
Tras ser puesto en libertad, su ascenso dentro de la armada germana fue meteórico; en 1921 es ascendido a Teniente de Navío, en 1928 a Capitán de Corbeta y en 1933 a Capitán de Fragata.
Con un pasado impecable en la marina alemana, en 1934 se le confiere el mando de la flota de submarinos a la cual reorganiza con criterios acertados por lo que Hitler le otorga el mando total y le asciende a Contralmirante para pasar en Septiembre de 1940 al grado de Vicealmirante por las numerosas victorias que su flota obtiene El 31 de Enero de 1943 releva al Almirante Erich Raeder en su puesto de Gran Almirante de la Armada y a pesar de que jamás se consideró nazi obtiene una total confianza de Hitler que le incluye en su testamento como heredero incondicional el 8 de Mayo de 1945.
En los Juicios de Nuremberg se enfrentó a cargos como Criminal de Guerra. No se le acusó de Crímenes contra la Humanidad, pero sí de planificar la guerra y de dar órdenes para no prestar ayuda a los náufragos en los ataques de los submarinos. Esta era la acusación más importante y se basaba en una orden directa dada por Doenitz en 1942 tras el hundimiento del buque "Laconia" con miles de náufragos británicos, polacos e italianos. El comandante del submarino organizó el salvamento de los náufragos y se declaró neutral la zona por Alemania para permitir el rescate. Al ser bombardeado el submarino por un avión aliado durante el rescate, Doenitz ordenó textualmente que:
"Está prohibido el salvamento de los navíos echados a pique, es decir, recoger a los náufragos o distribuir víveres y agua potable. Porque el salvamento es contrario a las exigencias más elementales de la guerra en el mar."
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Se le sentenció a cumplir 10 años de prisión en Spandau de la que salió en libertad en 1956.
Posteriormente escribió dos libros: "Diez años y veinte días" y en 1968, "Mi vida como soldado".
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