Con un pasado impecable en la marina alemana, en 1.934 se le confiere el mando de la flota de submarinos a la cual reorganiza con criterios acertados por lo que Hitler le otorga el mando total y le asciende a Contralmirante para pasar en Septiembre de 1.940 al grado de Vicealmirante por las numerosas victorias que su flota obtiene frente a los aliados. 

   En Enero de 1.943 releva al Almirante Raeder y a pesar de que jamás se consideró nazi obtiene una total confianza de Hitler que le incluye en su testamento como heredero incondicional el 8 de Mayo de 1.945. 

   En los Juicios de Nuremberg enfrento cargos como criminal de guerra. No se le acuso de crímenes contra la humanidad, pero sí de planificar la guerra y de dar órdenes para no prestar ayuda a los náufragos en los ataques de los submarinos. Esta era la acusación más importante y se basaba en una orden directa dada por Donitz en 1.942 tras el hundimiento del buque "Laconia" con miles de náufragos británicos, polacos e italianos. El comandante del submarino organizó el salvamento de los náufragos y se declaró neutral la zona por Alemania para permitir el rescate. Al ser bombardeado el submarino por un avión aliado durante el rescate, Donitz ordenó textualmente que:

	"Está prohibido el salvamento de los navíos echados a pique, es decir, recoger a los náufragos o distribuir víveres y agua potable. Porque el salvamento es contrario a las exigencias más elementales de la guerra en el mar".

   Se le sentenció a cumplir 10 años de prisión en Spandau de la que salió en libertad en 1.956.